Hiệp định đối tác kinh tế là cấp độ hội nhập kinh tế sâu hơn hiệp định thương mại tự do, theo nghĩa là ngoài việc tự do hóa thương mại hàng hóa thông qua bãi bỏ thuế quan và hàng rào phi thuế quan lại còn bao gồm cả tự do hóa dịch vụ, bảo hộ đầu tư, thúc đẩy thương mại điện tử giữa các nước ký kết hiệp định.

Nhật Bản là quốc gia có xu hướng thích các hiệp định đối tác kinh tế vì nó cho phép quốc gia này thâm nhập toàn diện vào các thị trường của nước đối tác. Hiện Nhật Bản đã ký kết 8 hiệp định đối tác kinh tế song phương và một hiệp định đối với ASEAN, đang đàm phán để đi tới ký kết 5 hiệp định khác (Hàn Quốc, Ấn Độ, Việt Nam, Úc, Thụy Sĩ), có 15 quốc gia, lãnh thổ và khu vực đang có nguyện vọng đàm phán và ký kết hiệp định đối tác kinh tế với Nhật Bản.[4]